Záštitu nad Nocí kostelů 2013 převzali

Mons. Dominik kardinál Duka, arcibiskup pražský, předseda ČBK,
Mons. Jan Baxant, biskup litoměřický, Mons. Vojtěch Cikrle, biskup brněnský, Mons. Jan Graubner, arcibiskup olomoucký, Mons. František Václav Lobkowicz, biskup ostravsko-opavský, Mons. František Radkovský, biskup plzeňský, Mons. Jan Vokál, biskup královéhradecký
Mgr. Joel Ruml, synodní senior, předseda ERC ČR, ThDr. Tomáš Butta, Th.D., patriarcha Církve československé husitské

RNDr. Petr Nečas, předseda vlády ČR, Miroslava Němcová, předsedkyně Poslanecké sněmovny Parlamentu ČR, Milan Štěch, předseda Senátu Parlamentu ČR

JUDr. Michal Hašek, hejtman Jihomoravského kraje a předseda Asociace krajů ČR, MUDr. Jiří Běhounek, hejtman Kraje Vysočina, Oldřich Bubeníček, hejtman Ústeckého kraje, Bc. Lubomír Franc, hejtman Královéhradeckého kraje, Milan Chovanec, hejtman Plzeňského kraje, JUDr. Martin Netolický, Ph. D., hejtman Pardubického kraje, Miroslav Novák, hejtman Moravskoslezského kraje, PaedDr. Josef Novotný, hejtman Karlovarského kraje, Martin Půta, hejtman Libereckého kraje, Ing. Jiří Rozbořil, hejtman Olomouckého kraje, MVDr. Josef Řihák, hejtman Středočeského kraje, MUDr. Bohuslav Svoboda, CSc., primátor hl. m. Prahy

Mgr. Maritn Baxa, primátor statutárního města Plzně, MUDr. Zdeněk Fink, primátor statutárního města Hradec Králové, MUDr. Štěpánka Fraňková, primátorka statutárního města Pardubice, Ing. Dan Jiránek, primátor statutárního města Kladna, Martin Novotný, primátor statutárního města Olomouce, Bc. Roman Onderka, MBA, primátor statutárního města Brna, Miroslav Pišťák, primátor statutárního města Prostějova, Bc. Martina Rosenbergová, primátorka statutárního města Liberce